新薬師寺の本尊です。堂中央の演壇に、木彫の大きな薬師如来坐像が安置されています。

頭と胴体など大幹部分は一本のカヤの木から彫り出され、手と足は同じカヤの木から寄せ木し、全体の木目を合わせ、一本の木から丸彫りした様に造られています。

光背には宝相華樹が大きな葉を翻らせ花を咲かせながら上に伸び、花の上の六軀の小仏は本尊と併せて七仏薬師を示しています。

薬師如来は東方浄瑠璃世界の仏さまです。菩薩として修業していたとき、体から光を出して世界を照らすこと、人々の不足を満たすこと、病気を癒すこと、正しい道に導くこと、災難を取り除くことなど、十二の願い事をたてました。右手は恐れを取り去る印相で、左手は薬壷を持っています。目は大きく開いています。

穏やかで力強く、ふくよかな姿をされています。
昭和50年の調査で、像の体内から平安初期の法華経(国宝)が見つかりました。